pipeline2 / smart_match.py
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initial commit
f92da22 verified
import os
import json
import re
import logging
from typing import Dict, List, Tuple, Optional
import numpy as np
from sentence_transformers import SentenceTransformer
#from langchain_openai import ChatOpenAI
#from langchain.prompts import ChatPromptTemplate
from dataclasses import dataclass
from template_db_creation import TemplateInfo, MedicalTemplateParser
from dotenv import load_dotenv
from openai import AzureOpenAI
# IMPORTANT: Configuration pour éviter les segfaults sur Mac
os.environ['TOKENIZERS_PARALLELISM'] = 'false'
os.environ['OMP_NUM_THREADS'] = '1'
os.environ['MKL_NUM_THREADS'] = '1'
# Configuration
EMBEDDING_MODEL = os.getenv("EMBEDDING_MODEL", "sentence-transformers/all-MiniLM-L6-v2")
load_dotenv()
# Azure OpenAI Configuration
AZURE_OPENAI_KEY = os.getenv("AZURE_OPENAI_KEY")
AZURE_OPENAI_ENDPOINT = os.getenv("AZURE_OPENAI_ENDPOINT")
AZURE_OPENAI_DEPLOYMENT = os.getenv("AZURE_OPENAI_DEPLOYMENT")
AZURE_OPENAI_API_VERSION = os.getenv("AZURE_OPENAI_API_VERSION", "2024-12-01-preview")
AZURE_OPENAI_MODEL = os.getenv("AZURE_OPENAI_MODEL", "gpt-5")
logging.basicConfig(level=logging.INFO)
logger = logging.getLogger(__name__)
@dataclass
class MatchResult:
"""Résultat du matching"""
template_id: str
template_content: str
similarity_score: float
filled_template: str
sections_filled: Dict[str, str]
confidence_score: float
class TranscriptionMatcher:
"""Système de matching et remplissage automatique de templates"""
def __init__(self, parser_instance):
"""
Initialise le matcher avec une instance de MedicalTemplateParser
Args:
parser_instance: Instance de MedicalTemplateParser avec DB chargée
"""
self.parser = parser_instance
# Initialiser le modèle avec des paramètres Mac-friendly
self.model = SentenceTransformer(
EMBEDDING_MODEL,
device='cpu'
)
# Désactiver le multiprocessing pour éviter les segfaults
self.model.encode = self._safe_encode
self.llm = None
self.filler = None
self._initialize_gpt()
def _safe_encode(self, *args, **kwargs):
"""Wrapper pour encode qui force show_progress_bar=False"""
kwargs['show_progress_bar'] = False
kwargs['batch_size'] = 1 # Traiter un par un pour plus de stabilité
return SentenceTransformer.encode(self.model, *args, **kwargs)
def _initialize_gpt(self):
"""Initialise GPT pour le remplissage des templates (Azure OpenAI)"""
if not AZURE_OPENAI_KEY:
logger.warning("AZURE_OPENAI_KEY non définie")
return
if not AZURE_OPENAI_ENDPOINT:
logger.warning("AZURE_OPENAI_ENDPOINT non défini")
return
if not AZURE_OPENAI_DEPLOYMENT:
logger.warning("AZURE_OPENAI_DEPLOYMENT non défini")
return
try:
# Initialiser le client AzureOpenAI
self.client = AzureOpenAI(
api_key=AZURE_OPENAI_KEY,
api_version=AZURE_OPENAI_API_VERSION,
azure_endpoint=AZURE_OPENAI_ENDPOINT,
)
logger.info("✅ GPT initialisé avec AzureOpenAI client")
except Exception as e:
logger.error(f"❌ Erreur initialisation GPT: {e}")
self.client = None
def preprocess_transcription(self, transcription: str) -> str:
"""
Prétraite la transcription pour améliorer le matching
Args:
transcription: Texte brut de la transcription
Returns:
str: Transcription nettoyée
"""
# Nettoyer les espaces multiples
text = re.sub(r'\s+', ' ', transcription)
# Normaliser les points
text = re.sub(r'\.{2,}', '.', text)
# Assurer une majuscule après chaque point
sentences = text.split('. ')
text = '. '.join(s.capitalize() for s in sentences if s.strip())
return text.strip()
def extract_exam_type(self, transcription: str) -> str:
"""
Extrait le type d'examen de la transcription
Args:
transcription: Texte de la transcription
Returns:
str: Type d'examen détecté
"""
exam_patterns = [
(r'\b(IRM|irm)\s+([a-zéèàçê\s]+)', 'IRM'),
(r'\b(SCANNER|scanner|TDM|tdm)\s+([a-zéèàçê\s]+)', 'Scanner'),
(r'\b(ECHOGRAPHIE|échographie|écho)\s+([a-zéèàçê\s]+)', 'Échographie'),
(r'\b(RADIO|radio|radiographie)\s+([a-zéèàçê\s]+)', 'Radiographie'),
]
text_lower = transcription.lower()
for pattern, exam_type in exam_patterns:
match = re.search(pattern, transcription, re.IGNORECASE)
if match:
return match.group(0).strip()
# Fallback : chercher juste le type sans localisation
for pattern, exam_type in exam_patterns:
if exam_type.lower() in text_lower:
return exam_type
return "Examen médical"
def create_search_query(self, transcription: str) -> str:
"""
Crée une requête optimisée pour la recherche vectorielle
Args:
transcription: Texte de la transcription
Returns:
str: Requête optimisée
"""
# Extraire les mots-clés importants
exam_type = self.extract_exam_type(transcription)
# Extraire les premières phrases pour le contexte
sentences = transcription.split('.')[:3]
context = '. '.join(sentences).strip()
# Détecter les sections mentionnées
sections = []
section_keywords = {
'technique': ['technique', 'acquisition', 'séquence'],
'résultats': ['résultats', 'présence', 'mesure', 'aspect'],
'conclusion': ['conclusion', 'diagnostic', 'aspect de']
}
text_lower = transcription.lower()
for section, keywords in section_keywords.items():
if any(kw in text_lower for kw in keywords):
sections.append(section)
# Construire la requête
query_parts = [
f"Type: {exam_type}",
f"Sections: {', '.join(sections)}",
f"Contexte: {context[:200]}"
]
return ' | '.join(query_parts)
def find_best_template(self, transcription: str, top_k: int = 3) -> List[Tuple[str, float]]:
"""
Trouve les meilleurs templates correspondant à la transcription
Args:
transcription: Texte de la transcription
top_k: Nombre de templates à retourner
Returns:
List[Tuple[str, float]]: Liste de (template_id, score)
"""
logger.info("🔍 Recherche du meilleur template...")
# Prétraiter la transcription
clean_transcription = self.preprocess_transcription(transcription)
# Créer la requête de recherche
search_query = self.create_search_query(clean_transcription)
logger.info(f"📝 Requête de recherche: {search_query[:100]}...")
try:
# Rechercher dans la base vectorielle avec gestion d'erreur
results = self.parser.search_similar_templates(search_query, k=top_k)
if results:
logger.info(f"✅ {len(results)} templates trouvés")
for i, (template_id, score) in enumerate(results, 1):
logger.info(f" {i}. {template_id} (score: {score:.3f})")
else:
logger.warning("⚠️ Aucun template trouvé")
return results
except Exception as e:
logger.error(f"❌ Erreur lors de la recherche: {e}")
logger.info("🔄 Tentative avec recherche simplifiée...")
return self._fallback_search(clean_transcription, top_k)
def _fallback_search(self, transcription: str, top_k: int = 3) -> List[Tuple[str, float]]:
"""
Méthode de recherche fallback en cas d'erreur
Args:
transcription: Texte de la transcription
top_k: Nombre de résultats
Returns:
List[Tuple[str, float]]: Résultats de recherche
"""
logger.info("⚠️ Utilisation de la recherche par mots-clés (fallback)")
exam_type = self.extract_exam_type(transcription).lower()
results = []
# Recherche simple par mots-clés dans les IDs
for template_id in self.parser.templates.keys():
template_type = template_id.lower()
score = 0.0
# Correspondance exacte du type d'examen
if exam_type in template_type or any(word in template_type for word in exam_type.split()):
score = 0.8
results.append((template_id, score))
# Trier par score et retourner top_k
results.sort(key=lambda x: x[1], reverse=True)
return results[:top_k] if results else []
def fill_template_with_gpt(self, template_content: str, transcription: str) -> Dict:
"""
Remplit le template avec GPT (via Azure OpenAI)
"""
if not self.client:
logger.error("❌ GPT non disponible pour le remplissage")
return self._fallback_fill(template_content, transcription)
try:
logger.info("🤖 Remplissage du template avec GPT...")
system_prompt = """
Vous êtes un expert médical spécialisé dans le formatage de comptes-rendus médicaux.
Votre tâche est de remplir un template médical avec le contenu d'une transcription.
**RÈGLES ABSOLUES DE FORMATAGE** :
1. JAMAIS commencer le contenu d'une section par son nom
2. JAMAIS écrire "TITRE:", "CLINIQUE:", "TECHNIQUE:", "RESULTATS:", "CONCLUSION:" dans le contenu
3. JAMAIS écrire "Titre.", "Clinique.", "Technique.", "Résultats.", "Conclusion." dans le contenu
4. Le contenu doit commencer DIRECTEMENT par le texte médical, sans label
**INSTRUCTIONS** :
1. Analysez la transcription pour identifier les différentes sections
2. Mappez chaque partie de la transcription aux sections du template
3. CONSERVER ABSOLUMENT la casse exacte des termes médicaux
4. Ne JAMAIS convertir en minuscules les acronymes médicaux
5. Si une section n'a pas de contenu, laissez-la vide
**RÈGLES DE MAPPING** :
- TITRE : première phrase ou mention de l'examen (IRM, Scanner, Échographie, etc.)
- CLINIQUE : informations sur l'indication clinique, motif d'examen
- TECHNIQUE : description de la technique d'acquisition, séquences, protocole
- RESULTATS : toutes les observations et mesures détaillées
- CONCLUSION : synthèse finale, diagnostic, recommandations
**FORMAT DE RÉPONSE** :
Retournez UNIQUEMENT un objet JSON avec cette structure exacte :
{{
"sections": {{
"TITRE": "contenu direct sans label",
"CLINIQUE": "contenu direct sans label",
"TECHNIQUE": "contenu direct sans label",
"RESULTATS": "contenu direct sans label",
"CONCLUSION": "contenu direct sans label"
}},
"confidence": 0.95
}}
**IMPORTANT** :
- Répondez UNIQUEMENT avec du JSON valide
- Pas de texte avant ou après le JSON
- Pas de balises markdown
- Conservez les sauts de ligne pour la lisibilité des RESULTATS
"""
user_prompt = f"""
Template à remplir :
{template_content}
Transcription médicale :
{transcription}
Remplissez le template en mappant correctement chaque section. Retournez UNIQUEMENT le JSON.
"""
response = self.client.chat.completions.create(
model=AZURE_OPENAI_DEPLOYMENT, # ⚠️ deployment name, not model family
messages=[
{"role": "system", "content": system_prompt},
{"role": "user", "content": user_prompt},
],
#temperature=0,
#max_tokens=1000,
)
result = response.choices[0].message.content.strip()
# Nettoyer le JSON
if result.startswith("```json"):
result = result[7:]
if result.endswith("```"):
result = result[:-3]
result = result.strip()
filled_data = json.loads(result)
logger.info("✅ Template rempli avec succès")
return filled_data
except json.JSONDecodeError as e:
logger.error(f"❌ Erreur parsing JSON: {e}")
return self._fallback_fill(template_content, transcription)
except Exception as e:
logger.error(f"❌ Erreur remplissage GPT: {e}")
return self._fallback_fill(template_content, transcription)
def _fallback_fill(self, template_content: str, transcription: str) -> Dict:
"""
Méthode de fallback pour remplir le template sans GPT
Args:
template_content: Template vide
transcription: Transcription
Returns:
Dict: Sections remplies (basique)
"""
logger.info("⚠️ Utilisation du remplissage basique (fallback)")
sections = {
"TITRE": self.extract_exam_type(transcription),
"CLINIQUE": "",
"TECHNIQUE": "",
"RESULTATS": "",
"CONCLUSION": ""
}
# Découpage basique par mots-clés
text_lower = transcription.lower()
# Technique
if 'technique' in text_lower:
tech_match = re.search(r'technique[:\.]?\s*([^\.]+(?:\.[^\.]+){0,3})', transcription, re.IGNORECASE)
if tech_match:
sections["TECHNIQUE"] = tech_match.group(1).strip()
# Conclusion
if 'conclusion' in text_lower:
concl_match = re.search(r'conclusion[:\.]?\s*(.+)$', transcription, re.IGNORECASE | re.DOTALL)
if concl_match:
sections["CONCLUSION"] = concl_match.group(1).strip()
# Résultats (tout ce qui reste)
if not sections["TECHNIQUE"] and not sections["CONCLUSION"]:
sections["RESULTATS"] = transcription
return {
"sections": sections,
"confidence": 0.5
}
def format_filled_template(self, template_structure: str, filled_sections: Dict[str, str]) -> str:
"""
Formate le template rempli
Args:
template_structure: Structure du template
filled_sections: Sections remplies
Returns:
str: Template formaté
"""
output_lines = []
for section_name, content in filled_sections.items():
if content and content.strip():
# Nettoyer le contenu pour enlever toute duplication
cleaned_content = self._clean_section_content(content, section_name)
# Ne rien ajouter si le contenu est vide après nettoyage
if not cleaned_content:
continue
# Ajouter la section avec son nom
output_lines.append(f"{section_name} :")
output_lines.append(cleaned_content)
output_lines.append("") # Ligne vide entre sections
return "\n".join(output_lines)
def _clean_section_content(self, content: str, section_name: str) -> str:
"""
Nettoie le contenu en enlevant les répétitions de labels
Args:
content: Contenu de la section
section_name: Nom de la section (ex: "CONCLUSION", "TECHNIQUE")
Returns:
str: Contenu nettoyé
"""
import re
content = content.strip()
# 1. Enlever "SECTION :" ou "SECTION:" au début (majuscules exactes)
pattern1 = rf'^{re.escape(section_name)}\s*:\s*'
content = re.sub(pattern1, '', content, flags=re.IGNORECASE)
# 2. Enlever les variations avec/sans S (ex: RESULTAT/RESULTATS)
section_variations = [
section_name,
section_name.rstrip('S'), # RESULTATS → RESULTAT
]
for variation in section_variations:
# Enlever "Variation :" ou "Variation."
pattern = rf'^{re.escape(variation)}\s*[.:]\s*'
content = re.sub(pattern, '', content, flags=re.IGNORECASE)
# 3. Cas spéciaux pour les variations françaises courantes
special_cases = {
'RESULTATS': ['résultat', 'résultats', 'resultat', 'resultats'],
'TECHNIQUE': ['technique', 'techniques'],
'CONCLUSION': ['conclusion', 'conclusions'],
'CLINIQUE': ['clinique', 'cliniques', 'indication'],
}
if section_name in special_cases:
for variation in special_cases[section_name]:
pattern = rf'^{re.escape(variation)}\s*[.:]\s*'
content = re.sub(pattern, '', content, flags=re.IGNORECASE)
# 4. Nettoyer les espaces multiples résultants
content = re.sub(r'\s+', ' ', content)
return content.strip()
def match_and_fill(self, transcription: str, return_top_k: int = 1) -> List[MatchResult]:
"""
Fonction principale : trouve et remplit le(s) meilleur(s) template(s)
Args:
transcription: Texte de la transcription
return_top_k: Nombre de templates à retourner
Returns:
List[MatchResult]: Liste des templates remplis
"""
logger.info("\n" + "="*80)
logger.info("🚀 DÉMARRAGE DU MATCHING ET REMPLISSAGE")
logger.info("="*80)
# Prétraiter
clean_transcription = self.preprocess_transcription(transcription)
logger.info(f"📝 Transcription prétraitée ({len(clean_transcription)} caractères)")
# Trouver les meilleurs templates
candidates = self.find_best_template(clean_transcription, top_k=return_top_k * 2)
if not candidates:
logger.error("❌ Aucun template trouvé")
return []
results = []
for template_id, similarity_score in candidates[:return_top_k]:
logger.info(f"\n{'─'*60}")
logger.info(f"📋 Traitement du template: {template_id}")
logger.info(f"{'─'*60}")
# Récupérer le template
template_info = self.parser.get_template_info(template_id)
if not template_info:
logger.warning(f"⚠️ Template {template_id} introuvable")
continue
logger.info(f"📄 Type: {template_info.type}")
logger.info(f"📊 Score de similarité: {similarity_score:.3f}")
# Remplir le template
filled_data = self.fill_template_with_gpt(
template_info.content,
clean_transcription
)
sections_filled = filled_data.get("sections", {})
confidence = filled_data.get("confidence", 0.0)
# Formater le résultat
filled_template = self.format_filled_template(
template_info.content,
sections_filled
)
result = MatchResult(
template_id=template_id,
template_content=template_info.content,
similarity_score=similarity_score,
filled_template=filled_template,
sections_filled=sections_filled,
confidence_score=confidence
)
results.append(result)
logger.info(f"✅ Template rempli - Confiance: {confidence:.2%}")
logger.info("\n" + "="*80)
logger.info(f"✅ TRAITEMENT TERMINÉ - {len(results)} résultat(s)")
logger.info("="*80 + "\n")
return results
def display_result(self, result: MatchResult):
"""
Affiche un résultat de manière formatée
Args:
result: Résultat à afficher
"""
print("\n" + "="*80)
print(f"📋 RÉSULTAT - Template: {result.template_id}")
print("="*80)
print(f"📊 Score de similarité: {result.similarity_score:.3f}")
print(f"🎯 Confiance: {result.confidence_score:.2%}")
print("\n" + "─"*80)
print("📄 TEMPLATE REMPLI:")
print("─"*80)
print(result.filled_template)
print("="*80 + "\n")
def main():
"""Fonction principale pour tester le matching"""
# Charger la base de données
db_path = input("Chemin vers la base de données (.pkl): ").strip()
if not os.path.exists(db_path):
print(f"❌ Fichier {db_path} introuvable")
return
print("📂 Chargement de la base de données...")
parser = MedicalTemplateParser()
parser.load_database(db_path)
print(f"✅ Base chargée: {len(parser.templates)} templates")
# Initialiser le matcher
matcher = TranscriptionMatcher(parser)
# Exemple de transcription
transcription_example = """
IRM pelvienne. Indication clinique. Technique. Acquisition sagittale, axiale et coronale T2, saturation axiale, diffusion axiale T1. Résultats. Présence d'un utérus antéversé médio-pelvien dont le grand axe mesure 72 mm sur 40 mm sur 40 mm. La zone jonctionnelle apparaît floue. Elle est épaissie de façon diffuse, asymétrique, avec une atteinte de plus de 50% de l'épaisseur du myomètre et comporte des spots en hypersignal T2, l'ensemble traduisant une adénomyose.
Pas d'épaississement cervical. À noter la présence d'un petit kyste liquidien de type Naboth.
Les 2 ovaires sont repérés, porteurs de formations folliculaires communes en hypersignal homogène T2 de petite taille. L'ovaire droit mesure 30 x 25 mm. L'ovaire gauche mesure 25 x 23 mm. Pas d'épanchement dans le cul-de-sac de Douglas.
Absence de foyer d'endométriose profonde. Conclusion.
Aspect d'adénomyose diffuse, symétrique, profonde.
Pas d'épaississement endométrial. Absence d'endométriome. Absence d'épanchement dans le cul-de-sac de Douglas.
"""
# Mode interactif
while True:
print("\n" + "="*80)
print("OPTIONS:")
print("1. Utiliser l'exemple de transcription")
print("2. Entrer une nouvelle transcription")
print("3. Charger depuis un fichier")
print("4. Quitter")
print("="*80)
choice = input("\nVotre choix: ").strip()
if choice == "1":
transcription = transcription_example
elif choice == "2":
print("\nEntrez la transcription (Ctrl+D ou Ctrl+Z pour terminer):")
lines = []
try:
while True:
line = input()
lines.append(line)
except EOFError:
transcription = "\n".join(lines)
elif choice == "3":
filepath = input("Chemin du fichier: ").strip()
try:
with open(filepath, 'r', encoding='utf-8') as f:
transcription = f.read()
except Exception as e:
print(f"❌ Erreur lecture fichier: {e}")
continue
elif choice == "4":
print("👋 Au revoir!")
break
else:
print("❌ Choix invalide")
continue
# Effectuer le matching
results = matcher.match_and_fill(transcription, return_top_k=3)
if results:
# Afficher tous les résultats
for i, result in enumerate(results, 1):
print(f"\n{'#'*80}")
print(f"# RÉSULTAT {i}/{len(results)}")
print(f"{'#'*80}")
matcher.display_result(result)
# Sauvegarder le meilleur résultat
save_choice = input("\nSauvegarder le meilleur résultat? (o/n): ").strip().lower()
if save_choice == 'o':
output_file = input("Nom du fichier de sortie: ").strip()
try:
with open(output_file, 'w', encoding='utf-8') as f:
f.write(results[0].filled_template)
print(f"✅ Résultat sauvegardé dans {output_file}")
except Exception as e:
print(f"❌ Erreur sauvegarde: {e}")
else:
print("❌ Aucun résultat trouvé")
if __name__ == "__main__":
main()