Update app.py

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@@ -15,11 +15,11 @@ except Exception as e:
     HAVE_MOL3D = False
     print(f"❌ gradio_molecule3d not available: {e}")
 
-# ==== Función para convertir trayectoria a archivo temporal PDB ====
+# ==== Convierte .traj -> contenido PDB (string) para Molecule3D ====
 def traj_to_molecule3d_file(traj_path):
     """
-    Convierte una trayectoria ASE (.traj) a un archivo PDB temporal para Molecule3D.
-    Retorna el path del archivo temporal (.pdb).
+    Lee el último frame de una .traj y devuelve el CONTENIDO PDB (string)
+    para pasarlo directamente a Molecule3D. No devuelve una ruta.
     """
     if not traj_path or not os.path.exists(traj_path):
         return None
@@ -28,15 +28,23 @@ def traj_to_molecule3d_file(traj_path):
         if len(traj) == 0:
             return None
 
-        # Usar último frame para visualización estática
         atoms = traj[-1]
 
-        # Crear archivo PDB temporal (formato aceptado por Molecule3D)
+        # Escribir a PDB temporal y devolver su contenido como string
         with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".pdb", delete=False) as f:
             pdb_path = f.name
-        write(pdb_path, atoms)  # extensión .pdb selecciona el formato automáticamente
-        return pdb_path
+        write(pdb_path, atoms)
 
+        try:
+            with open(pdb_path, "r", encoding="utf-8", errors="ignore") as fh:
+                pdb_text = fh.read()
+        finally:
+            try:
+                os.remove(pdb_path)
+            except Exception:
+                pass
+
+        return pdb_text
     except Exception as e:
         print(f"Error converting trajectory: {e}")
         return None
@@ -185,7 +193,7 @@ def _to_file_if_xyz(input_or_path: str):
         return tf.name, True
     return input_or_path, False
 
-# Wrappers actualizados para devolver archivos para Molecule3D
+# Wrappers actualizados para devolver PDB (string) a Molecule3D
 def md_wrapper(xyz_content, charge, spin, steps, tempK, timestep_fs, ensemble):
     tmp_created = False
     path_or_str = xyz_content
@@ -206,8 +214,8 @@ def md_wrapper(xyz_content, charge, spin, steps, tempK, timestep_fs, ensemble):
 
         # Usar Molecule3D si está disponible, sino HTML
         if HAVE_MOL3D:
-            pdb_file = traj_to_molecule3d_file(traj_path)
-            return (status, traj_path, log_text, script_text, explanation, pdb_file, "")
+            pdb_text = traj_to_molecule3d_file(traj_path)
+            return (status, traj_path, log_text, script_text, explanation, pdb_text, "")
         else:
             html_value = traj_to_html(traj_path)
             return (status, traj_path, log_text, script_text, explanation, None, html_value)
@@ -237,8 +245,8 @@ def relax_wrapper(xyz_content, steps, fmax, charge, spin, relax_cell):
 
         # Usar Molecule3D si está disponible, sino HTML
         if HAVE_MOL3D:
-            pdb_file = traj_to_molecule3d_file(traj_path)
-            return (status, traj_path, log_text, script_text, explanation, pdb_file, "")
+            pdb_text = traj_to_molecule3d_file(traj_path)
+            return (status, traj_path, log_text, script_text, explanation, pdb_text, "")
         else:
             html_value = traj_to_html(traj_path)
             return (status, traj_path, log_text, script_text, explanation, None, html_value)