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Sleeping
Sleeping
Enzo Reis de Oliveira
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·
fe92162
1
Parent(s):
e1406e0
Adding CSV option download
Browse files
app.py
CHANGED
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@@ -1,54 +1,75 @@
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import os
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| 2 |
-
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| 3 |
-
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| 4 |
-
INFERENCE_DIR = os.path.join(BASE_DIR, "smi-ted", "inference")
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| 5 |
-
sys.path.append(INFERENCE_DIR)
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| 6 |
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| 7 |
import gradio as gr
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-
from smi_ted_light.load import load_smi_ted
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# 2) Caminho onde estão pesos e vocabulário
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MODEL_DIR = os.path.join("smi-ted", "inference", "smi_ted_light")
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-
# 3) Carrega o modelo SMI
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| 15 |
-
# Se você renomeou o .pt ou o vocab, ajuste aqui.
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model = load_smi_ted(
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| 17 |
folder=MODEL_DIR,
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| 18 |
ckpt_filename="smi-ted-Light_40.pt",
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| 19 |
vocab_filename="bert_vocab_curated.txt",
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| 20 |
)
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| 21 |
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| 22 |
-
# 4) Função utilizada pela interface
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| 23 |
def gerar_embedding(smiles: str):
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"""
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| 25 |
-
Recebe uma string SMILES e devolve
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| 26 |
-
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| 27 |
"""
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| 28 |
smiles = smiles.strip()
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| 29 |
if not smiles:
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| 30 |
-
return {"erro": "digite uma sequência SMILES primeiro"}
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| 31 |
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| 32 |
try:
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| 33 |
-
# model.encode devolve tensor shape (1, 768)
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| 34 |
vetor_torch = model.encode(smiles, return_torch=True)[0]
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| 35 |
-
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-
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-
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-
# 5) Define a interface Gradio
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demo = gr.Interface(
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| 42 |
fn=gerar_embedding,
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| 43 |
inputs=gr.Textbox(label="SMILES", placeholder="Ex.: CCO"),
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| 44 |
-
outputs=
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| 45 |
-
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| 46 |
description=(
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| 47 |
"Cole uma sequência SMILES e receba o embedding gerado pelo modelo "
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-
"SMI
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),
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| 50 |
)
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| 52 |
-
# 6) Roda localmente ou no
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| 53 |
if __name__ == "__main__":
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| 54 |
demo.launch()
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| 1 |
+
import os
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| 2 |
+
import sys
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| 3 |
+
import tempfile
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| 4 |
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| 5 |
+
import pandas as pd
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| 6 |
import gradio as gr
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| 7 |
+
from smi_ted_light.load import load_smi_ted
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| 8 |
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| 9 |
+
# 1) Ajusta o path para o inference do SMI-TED
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| 10 |
+
BASE_DIR = os.path.dirname(__file__)
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| 11 |
+
INFERENCE_DIR = os.path.join(BASE_DIR, "smi-ted", "inference")
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| 12 |
+
sys.path.append(INFERENCE_DIR)
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| 13 |
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| 14 |
# 2) Caminho onde estão pesos e vocabulário
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| 15 |
MODEL_DIR = os.path.join("smi-ted", "inference", "smi_ted_light")
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| 16 |
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| 17 |
+
# 3) Carrega o modelo SMI-TED (Light)
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| 18 |
model = load_smi_ted(
|
| 19 |
folder=MODEL_DIR,
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| 20 |
ckpt_filename="smi-ted-Light_40.pt",
|
| 21 |
vocab_filename="bert_vocab_curated.txt",
|
| 22 |
)
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| 23 |
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| 24 |
+
# 4) Função utilizada pela interface Gradio
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| 25 |
def gerar_embedding(smiles: str):
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| 26 |
"""
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| 27 |
+
Recebe uma string SMILES e devolve:
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| 28 |
+
- embedding (lista de 768 floats)
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| 29 |
+
- caminho para um CSV com esse embedding, pronto para download
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| 30 |
+
Em caso de erro, devolve um dicionário com a mensagem e nenhum arquivo.
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| 31 |
"""
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| 32 |
smiles = smiles.strip()
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| 33 |
if not smiles:
|
| 34 |
+
return {"erro": "digite uma sequência SMILES primeiro"}, None
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| 35 |
|
| 36 |
try:
|
| 37 |
+
# model.encode devolve tensor shape (1, 768)
|
| 38 |
vetor_torch = model.encode(smiles, return_torch=True)[0]
|
| 39 |
+
embedding = vetor_torch.tolist()
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| 40 |
+
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| 41 |
+
# Cria um CSV temporário com uma única linha (o embedding)
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| 42 |
+
df = pd.DataFrame([embedding])
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| 43 |
+
tmp = tempfile.NamedTemporaryFile(
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| 44 |
+
delete=False,
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| 45 |
+
suffix=".csv",
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| 46 |
+
prefix="embedding_",
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| 47 |
+
)
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| 48 |
+
csv_path = tmp.name
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| 49 |
+
df.to_csv(csv_path, index=False)
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| 50 |
+
tmp.close()
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| 51 |
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| 52 |
+
return embedding, csv_path
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| 53 |
+
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| 54 |
+
except Exception as e:
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| 55 |
+
return {"erro": str(e)}, None
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| 56 |
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| 57 |
+
# 5) Define a interface Gradio com dois outputs: JSON e arquivo para download
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| 58 |
demo = gr.Interface(
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| 59 |
fn=gerar_embedding,
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| 60 |
inputs=gr.Textbox(label="SMILES", placeholder="Ex.: CCO"),
|
| 61 |
+
outputs=[
|
| 62 |
+
gr.JSON(label="Embedding (lista de floats)"),
|
| 63 |
+
gr.File(label="Baixar embedding em CSV"),
|
| 64 |
+
],
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| 65 |
+
title="SMI-TED Embedding Generator",
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| 66 |
description=(
|
| 67 |
"Cole uma sequência SMILES e receba o embedding gerado pelo modelo "
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| 68 |
+
"SMI-TED Light treinado pela IBM Research. "
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| 69 |
+
"Você também pode baixar o embedding em CSV."
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| 70 |
),
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| 71 |
)
|
| 72 |
|
| 73 |
+
# 6) Roda localmente ou no HF Space
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| 74 |
if __name__ == "__main__":
|
| 75 |
demo.launch()
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